Το λιμάνι που ίδρυσαν οι Θάσιοι στα τέλη 7ου π.χ. αιώνα ήταν ένας φυσικός όρμος στις δυτικές ακτές της χερσονήσου της Παναγίας, που σήμερα έχει εξαφανισθεί κάτω από επιχώσεις.
Το λιμάνι κράτησε ανοικτούς τους δρόμους με όλο τον ελληνικό κόσμο του Αιγαίου και της Μ. Ασίας μέσω των οποίων έφθαναν στην πόλη όχι μόνο εμπορεύματα, αλλά και τα πνευματικά μηνύματα που περιέχονται στις θρησκείες του ελληνικού κόσμου και της Ανατολής με αποκορύφωμα το 49/50 μ.Χ. την άφιξη του Αποστόλου Παύλου που μετέφερε το μήνυμα της νέας θρησκείας στην Ευρώπη.
Κατά τον 16ο και 17ο αιώνα το λιμάνι της Καβάλας παίζει σπουδαίο ρόλο στην περιοχή με πρωταρχικό τον διοικητικό και φορολογικό έλεγχο της γειτονικής μεταλλευτικής περιοχής, ενώ διεξάγονται μέσω αυτού το εξαγωγικό εμπόριο με τοπικά αγροτικά προϊόντα (σιτάρι, βαμβάκι, ξυλεία κλπ.).
Ο 18ος αιώνας αποτελεί περίοδο ιδιαίτερης ακμής για την πόλη της Καβάλας και το λιμάνι της. Εγκαθίστανται σ΄ αυτήν οι πρώτες προξενικές αρχές της Γαλλίας και της Βενετίας. Το εμπόριο του λιμανιού είναι κυρίως εξαγωγικό. Το λιμάνι διαδραματίζει ιδιαίτερα αξιόλογο ρόλο ως κέντρο αλιείας και εμπορίου, κυρίως καπνού.
Το 1919 η Καβάλα αποκτά Λιμενική Επιτροπή με σκοπό την κατασκευή του λιμανιού.
Το 1928 μετά από μειοδοτικό διαγωνισμό τα έργα κατακυρώνονται στην Ανώνυμη Εργοληπτική Εταιρεία Θαλασσίων & Υδραυλικών Έργων.
Τα εγκαίνια του λιμανιού γίνονται το Νοέμβριο του 1929 από τον Ελευθέριο Βενιζέλο και το λιμάνι ολοκληρώνεται τη δεκαετία του 50. Με την κατασκευή των λιμενικών έργων δημιουργείται με επιχωματώσεις και η νέα παραλία της Καβάλας.